可以很肯定的告诉你，虽然两者都利用移动互联网卖东西，但微店和小程序的区别还是很大的。
1、用户使用体验的差别
你想买东西的时候用小程序可以直接在微信里搜索到，直接使用。别人推荐你一个小程序，你点开分享就直接进入小程序了，可以马上浏览商品，下单购买。
而微店要使用，需要下载APP，好友分享过来，也只是一个链接/店铺号，还是要下载APP再打开。这不是一个量级的用户体验差别。
就像摩拜单车最近用微信扫一扫对接上微信小程序（扫一扫直接进入小程序）后。当天摩拜小程序活跃量达到1600万，这直接导致了ofo、小蓝等共享单车平台的价格战。小蓝、ofo纷纷宣布免费骑行，用免费来挽回劣势，争夺用户。
2、平台性质决定了商家服务的差异
虽然电商小程序和用户是一对一的交互方式。商家不用太注重和同类商家价格上的竞争。但因为小程序不用安装，有即用即走的特性。所以，用户离开也是飞快的。这会倒逼商家提供更好的服务和商品，才能留住用户。不然被抛弃，用户是眼睛都不眨一下的，连卸载的成本都不用了。
而微店和淘宝都是集中显示各个商家的商品。要从万千商品中脱颖而出，比价格是不得不做的妥协。所以总体来说，小程序平台上的优质的卖家会更普遍，微店上走实惠路线的店家会更多。
3、平台搭建方式的不同
小程序可以理解为本身就是一个平台，社群、粉丝圈，所以每个店家都要有一款自己的小程序。
微店就是个平台，你只是进驻而已，和所有进驻的同行竞争。所以两者的搭建方式会不同。
4、店铺风格和功能的差异化
小程序可以自定义的功能比较多。如果是开发者（程序猿）可以使用微信现在开放出的各种端口，用以自己的功能比如小程序放置地图，显示自己的店铺位置，可以设置自己的会员系统啊、可以调取微信支付啊等等，都可以很自由搭配。
每一家店铺的小程序可能都是不一样的，就更有差异化。当然有开发实力的商家可以自主开发小程序，也可以选择现在的一些第三方开发平台，比如秒到小程序，会员系统、对接微信的支付等功能都是全支持的。
小程序本身是个新兴事物，是为线下场景而生的，是为了更好的用户服务。现在已经出现很多人网购次数明显下降的情况，因为大家的时间成本越来越高，不愿意花很多时间再挑选，而持续提供优质商品的商家，本质上已经是在提供一种服务。
而优质的服务体验，需要线上线下的配合，消费升级，很重要的一环就是从消费商品变为消费服务。所以，想要成为新零售转型的成功者，小程序是无法被忽视的。
当然要想抓住小程序风口捞到第一桶金，一定要先下手为强，没有永远的晴天，也没有永远都开发不尽的小程序流量池，想转型电商的传统商家一定要抓住机会。
